Как бы поступил я, окажись в Вашей ситуации:
1. Рыб отсадил бы в свежую воду. И кормил бы через день. Вы писали, что осталась зебра, а хирургам сильно голодать нельзя - они не переносят голода. Кормил бы по чуть-чуть, гранулами, по несколько гранул на рыбку. Именоо гранулами, не хлопьями и не заморозкой. Что из населения осталось?
2. В отсаднике организовал бы аэрлифтный фильтр с губкой. Добавил бы хоть сколько-нибудь нитратов и фосфатов, типа 10 и 0.1. Однократно. Хету можно им.
3. Купил бы тесты на аммоний и нитрит. По цене будет - как новую рыбу купить, взамен этих. А так хотя бы будете точно знать, что происходит в отсаднике и основном аквариуме. Чтобы в отсаднике не пропустить подмену воды. Этот пункт на Ваше усмотрение. Может Вам дешевле будет менять 2 раза в день пол объема.
4. В основном аквариуме, как писал выше, поддерживал бы нитраты 20, фосфаты 0,3. Такие фосфаты, потому что сначала они начнут снижаться сильно, чтобы не обнулить и не задержать тем самым установку цикла. Оборудование как в нормально работающем аквариуме. Даже со светом.
5. Через неделю кинул бы несколько моллинезий и кормил бы от пуза, но тоже гранулами. Чтобы съедали все, чтобы корм не разлетался.
6. Рыбу сажал бы назад, когда камни обильно покроются водорослями. Или просто покроются.
7. Начинал бы думать, как жить с песком на дне.
Скорее всего, аммоний и нитриты у Вас в основном аквариуме уже прошли. Просто очень грязная вода, много всего растворенного. Всякой органики. А никакая еда просто так в воде болтаться не будет - желающих съесть ее - море. Вот и кишит вода бактериями и грибами всякими. Креветки в таких условиях процветают. А рыбы дохнут от того, что через них начинают бактерии и грибы шастать.