Да, действительно 
По порядку:
Разъем USB только один, на самом контроллере, остальные разъемы - телефонные, как Вы верно сказали RJ-45, и витая пара (двухпарный интернет кабель).
Я об этом с самого начала писал 
Касательно протокола .....
Тут пока не очень ясно.
Рассмотрим два варианта (разъемы и провод указаны выше):
1. Шина и протокол 1-wire.
Хорошо знакомый (мне) протокол. Есть готовые (на макете) slave модули на Atmega88.
Довольно удобный протокол и не нужны преобразователи типа MAX485.
Недостатки - низкая скорость (как бы и не особенно важно), длина линии (ну 300м с головой хватит).
2. Шина RS485 и протокол Modbus.
С этим протоколом я не знаком. Нужны преобразователи физического уровня.
Достоинства - хорошая скорость (как бы и не особенно важно), большая длина линии (опять же не особенно), высокая помехозащищенность (тут не знаю).
.............................
Я все таки склоняюсь к 1-wire. Но очень хотел бы выслушать мнения других
Возможно есть другие хорошие варианты.
.............................
Была еще идея использовать RS485 как преобразователь физического уровня, а протокол написать свой (вижу тут кучу критики и кучу непоняток для самого).