1. Не в курсе, надо почитать. Блютуз и инет это по большому счету плюшки.
1.1. Не самая важная, но приятная 
1.2. Имеется ввиду звонилка. Отсылка СМС. GPRS я не пробовал. Настроек там нет, те-же АТ команды. Чип SIM800C. Изначальная настройка (выключение эха и т. п.) производится один раз при инициализации самим контроллером. Если симка вставлена, то к оператору он подключится автоматом (где-то 10...15 секунд).
1.3. Основной блок по сути такой-же модуль как и все остальные. Можно назвать его экранным модулем. Его основная функция это вывод информации и ручное управление силовым блоком (вкл/выкл каналов) через тачскрин. Однако если рассматривать варианты межмодульного взаимодействия (включить канал в 6:00 и выключить при достижении температуры 25С, или выключить на ночь кондиционер, который управляется температурным сенсором), то без контроллера не обойтись. Так что походу без него все таки полноценной работы системы не будет. Тогда и управление модуля модулем теряет смысл.
1.4. RS485 это физический стандарт. Какой при этом применить протокол и будет ли там организация мастер / слэйв надо подумать. Возможно придется использовать другой стандарт. Это надо обсуждать. Мастер нужен только для того, чтобы исключить вариант когда ДВА модуля одновременно начинают передачу. Вероятность этого весьма низкая, но она есть.
1.5. ШИМ не проблема. Тот-же принцип АТ команд. AT+SHIM1,5,253 То-же самое касательно логики. Если нужно прочитать логический вход, то второго параметра нет. Модуль выдаст ответ уже со вторым параметром.
Если Вы смотрели схему в топике, то RTC (DS3231) там есть, со своим независимым питанием. Точное время нужно лишь таймерам. Датчикам температуры и другим модулям оно вроде как и ни к чему.
...........................
Сразу отвечу почему не 1-wire.
Хороший протокол, тем более есть масса готовых (хоть и дорогих) чипов. Но есть одна кака. Все устройства 1-wire адресуются по 6-ти байтному адресу. На чипе адрес не написан. Т.е. подключили вы 10 датчиков температуры, все класс, все показывают температуру. Остается вопрос, а где собственно какой датчик ? Обычно это решается подключением датчиков по одному с созданием таблицы соответствия адресов датчиков "пользовательским" адресам / номерам.
В случае DS18B20 это можно решить и другим способом - использовать аларм-байты как пользовательские и записывать в них номер группы и номер датчика (я делал так), но для других чипов (DS2408, DS2450) этот номер не пройдет. Оперативная память то там есть, но она сбрасывается при пропадании питания.
Так что модульный контроллер и АТ команды это наиболее удобный вариант, понятный любому пользователю. Строку команды можно даже вручную прописывать.
