Я писал буквально на днях в теме-близнеце - что происходит в море:
- наевшиеся трофонты из неё свалятся в риф, там почти всех вымоют в бездну течения, почти всех остальных сожрут рифовые беспозвоночные, из оставшихся единиц цист выведутся новые бродяжки, их будет постигать та же участь, единицы из последних единиц может и успеют найти в кого внедриться, но на каждую рыбу их оказывается так мало, что это инфицирование не проявляется как болезнь.....
и так по кругу
Предположение, что иммунитет играет существенную роль многократно снижает вероятность крипта встретить подходящего носителя. Ведь во многих километрах кубических воды уже надо не просто встретить рыбу, но и чтобы она ещё и ослабленная была.
Кстати, а можно услышать какие именно факторы "плохой воды" влияют на "иммунитет" настолько чтобы рыба стала существенно более восприимчива к крипту? ) Просто мне попадались банки с такими параметрами, что обычных тестов даже при десятикратном разведении не хватило бы - и никакого крипта. 
Есть факты, исходя из которых можно предположить существование иммунитета против крипта. Механизм его может быть например такой: выработка рыбой более толстого или плотного слоя поверхностной слизи, или то же самое с поверхностными тканями или даже выработка токсичных для крипта субстанций.
Это называется не "есть факты", а "есть мнение, что может быть и так и даже отдельные факты говорят в пользу этой гипотезы".
Он переходит в эпидемию конечно не когда ему взбрендит, а именно когда у рыб снижен иммунитет - как раз из-за плохой воды или низкой её температуры(описанный мной случай начался с этого), даже сильного стресса и т.д. .
Конечно не когда взбрендит, а в соответствии с целым рядом условий. С одной стороны кол-во рыбы, объем воды, интенсивность течения, вид рыбы и тип её поверхности, стартовое кол-во паразитов и т.д. И возникает чаша весов. Закиньте всего десяток паразитов в 100 л. аквариум с десятком здоровых хепатусов и никакой "иммунитет" не поможет.
В подавляющем большинстве сообщений на форуме о крипте говорится о каком-либо инициирующем факторе, в подавляющем меньшинстве, полагаю, просто такой фактор не был по неопытности замечен.
С аквариумом всегда что-нибудь да происходит и в подавляющем большинстве случаев можно сделать ложные вывод о якобы корреляции между событиями, которые на самом деле никак не связаны.
Другой случай - когда в акв. добавляется новая заражённая и ослабленная рыба, становящаяся первоначальным инкубатором для крипта - большая масса паразитов способна пробить хороший иммунитет других рыб даже в хороших условиях.
Вот-вот. ) Иммунитет тут вообще не причем. Будет достаточное стартовое кол-во - будет эпидемия.